Het Schoolpastoraat speelt een belangrijke en zichtbare rol op het Alfa-college. Pastores praten vaak individueel met medewerkers en studenten. Ze helpen medewerkers met problemen in de privésfeer of op het werk en ze geven advies over ethische vragen. Hierbij vervult de pastor de rol van vertrouwenspersoon. Voor studenten gaat het meestal over mentale gezondheid, identiteit en hoe om te gaan met belangrijke gebeurtenissen in het leven.